產(chǎn)品名稱: nano tRNAsequencing kit

品牌: immaginabiotech

貨號(hào): NTRSQ-12

規(guī)格：12 rxns

適用物種：所有物種

總RNA輸入量：總RNA ≥ 10微克

工作流程時(shí)間：2天

產(chǎn)品包含內(nèi)容：

1、文庫制備試劑盒 —— 包含全套工具，用于制備多重tRNA測(cè)序文庫。

2、數(shù)據(jù)拆分工具 —— 高效穩(wěn)定的測(cè)序數(shù)據(jù)拆分工具（激活后40天內(nèi)可用），需安裝Docker并配備NVIDIA GPU（至少8GB顯存）。

操作流程：

1、tRNA分離與文庫制備

使用試劑盒內(nèi)提供的試劑完成濕實(shí)驗(yàn)操作步驟。

2、樣本混合檢測(cè)

最多可將6個(gè)樣本混合至同一文庫中，顯著節(jié)省時(shí)間并降低檢測(cè)成本。

3、桌面級(jí)測(cè)序

直接在實(shí)驗(yàn)臺(tái)上使用牛津納米孔技術(shù)(Oxford Nanopore Technology)進(jìn)行測(cè)序。

4、數(shù)據(jù)分析

可選擇自行分析數(shù)據(jù)，或聯(lián)系我們的專業(yè)生物信息學(xué)團(tuán)隊(duì)為您提供分析服務(wù)。

測(cè)序數(shù)據(jù)可通過以下流程分析：

*原始數(shù)據(jù)質(zhì)控：FastQC 檢查測(cè)序質(zhì)量。

*tRNA 比對(duì)：使用 Bowtie2 或 tRNAscan-SE 比對(duì)到參考基因組。

*表達(dá)定量：統(tǒng)計(jì)各 tRNA 同工型（isoacceptor）的 reads 數(shù)。

*修飾位點(diǎn)檢測(cè)：通過突變率分析（如 Nanom6A）預(yù)測(cè)修飾位點(diǎn)。

測(cè)試結(jié)果

從tRNA豐度檢測(cè)到全面分析

Nano-tRNAseq檢測(cè)試劑盒結(jié)合Immagina生物信息分析流程，可實(shí)現(xiàn)tRNA表達(dá)量的檢測(cè)與分析。（A）散點(diǎn)圖顯示處理組與對(duì)照組樣本中tRNA表達(dá)量的平均計(jì)數(shù)；（B）火山圖展示處理組與對(duì)照組差異表達(dá)的tRNA表達(dá)量。

化學(xué)修飾位點(diǎn)檢測(cè)

化學(xué)修飾的鑒定基于對(duì)所有tRNA同工受體各位置堿基識(shí)別錯(cuò)誤的檢測(cè)（C）。熱圖顯示處理組與對(duì)照組相比觀察到的修飾顯著變化：藍(lán)色表示處理組樣本可能存在的修飾缺失；紅色表示處理組樣本新增的修飾位點(diǎn)。

應(yīng)用方向

1、基礎(chǔ)研究：tRNA 在翻譯調(diào)控、應(yīng)激響應(yīng)中的作用。

2、疾病機(jī)制：癌癥、神經(jīng)退行性疾病中 tRNA 表達(dá)異常。

3、微生物組：病原菌 tRNA 修飾與耐藥性關(guān)聯(lián)。

注意事項(xiàng)

1、避免 RNA 酶污染，全程使用無 RNA 酶槍頭和離心管。

2、接頭需避光保存，反復(fù)凍融不超過 3 次。

3、建議設(shè)置陽性對(duì)照（已知 tRNA 標(biāo)準(zhǔn)品）。

常見問題

Q1：能否檢測(cè) tRNA 修飾？

答：本試劑盒通過去修飾步驟提高測(cè)序效率，但修飾位點(diǎn)需結(jié)合生物信息學(xué)工具（如 Modomics 數(shù)據(jù)庫）進(jìn)一步分析。

Q2：適用于其他小 RNA 嗎？

答：僅優(yōu)化用于 tRNA，不適合 miRNA 或 snoRNA。

注：該中文說明書僅供參考，最終請(qǐng)以官F說明書為準(zhǔn)。

如有任何疑問，歡迎聯(lián)系咨詢上海起發(fā)！

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